Primer intendente de la provincia de Venezuela; especializado en asuntos fiscales y económicos, dotado de una gran capacidad organizativa y una rígida disciplina en el trabajo. En Cuba se desempeñó como oficial mayor de la contaduría y de la administración general de aquella isla. En retribución a sus servicios, el rey Carlos III, el 15 de julio de 1769, lo nombró contador mayor de la provincia de Venezuela. Ábalos prestó juramento de contador mayor ante el gobernador y capitán general José Solano y Bote, quien le puso en posesión de su cargo el 19 de septiembre de 1770. Durante su ejercicio se informó de los defectos y vicios que imperaban en los negocios públicos, de las causas del atraso de las rentas, de las deficiencias de la maquinaria administrativa y de los motivos de la penuria del comercio local. Luego formuló, en 66 artículos, una serie de prevenciones encaminadas a regularizar aquel estado de cosas, iniciativa que le trajo algunas desavenencias con el gobernador y capitán general de la provincia de Venezuela José Carlos Agüero; pero los artículos merecieron la aprobación del Rey. En el ejercicio de sus funciones demostró tal celo y tan extraordinaria capacidad que pronto conquistó en la corte de Madrid gran aprecio, llegando a adquirir una desusada autoridad y una estima de la que incluso no gozaba el propio gobernador. A fines de 1774 retornó a España. El monarca lo nombró en 1776 para que ejerciera la Intendencia en Palencia. Pero creada la Intendencia de Ejército y Real Hacienda en Venezuela por real decreto del 25 de noviembre de 1776, Carlos III consideró que ningún otro como Ábalos podía desempeñarla a satisfacción. A la vez, se le encargó la elaboración de un proyecto de instrucción para el funcionamiento de la Intendencia, el cual fue aprobado por real cédula de 8 de diciembre de 1776. Esta real instrucción tiene una excepcional importancia ya que se la puede considerar como la primera ley orgánica de la Hacienda venezolana. El título para ejercer su alto cargo le fue expedido en la misma fecha de la creación de la Intendencia y se le concedieron además honores de mariscal de campo y otras gracias especiales, más un sueldo de 6.000 pesos anuales. Antes de partir a Caracas se dedicó durante un año a trabajar desde la metrópoli misma en beneficio de la provincia de Venezuela; informó al Rey lo perjudicial que era para esta la entrada en Nueva España (hoy México) del cacao procedente de Guayaquil y pidió que se suprimieran, o al menos se rebajaran, los derechos que este fruto cultivado en Venezuela pagaba a su entrada en el puerto de Veracruz. Ábalos partió con destino a Venezuela en 1777 y llegó al puerto de La Guaira el 22 de agosto de ese año; el 24 arribó a la ciudad de Caracas en donde fue recibido por el gobernador y capitán general Luis de Unzaga y Amézaga; el 17 de noviembre tomó posesión de su cargo. Su nombramiento no fue bien recibido pues casi todos los contribuyentes sabían cómo era de inflexible en la recaudación de los impuestos y de severo con los infractores de la ley. El día que se posesionó de su cargo dispuso que cesaran en sus funciones los oficiales reales y los tenientes a cuyo cargo estaba la administración de la Real Hacienda, designando en su lugar contadores, tesoreros y administradores generales. Se propuso en primer término dar impulso a la decadente agricultura, afectada fundamentalmente por la carencia de mano de obra. De acuerdo con una real orden emitida por Carlos III el 13 de junio de 1777, los hacendados y comerciantes podían cambiar sus productos, excepto el cacao, durante 2 años por esclavos negros procedentes de las colonias extranjeras, pagando solo un 5% de derechos por los frutos destinados a tal fin y la mitad de los impuestos por introducción de esclavos. Esta decisión generó en poco tiempo una gran actividad comercial, hasta el punto que las naves venezolanas que antes de esta medida permanecían ociosas en la rada de Puerto Cabello, entonces el primer puerto de la provincia, ya no fueron suficientes para movilizar la carga de salida y de retorno, siendo preciso adquirir 10 naves más para remediar con ellas la falta de buques mercantes. De esta manera, pudo entrar a Venezuela un crecido número de esclavos, y muchos pequeños hacendados y comerciantes, que anteriormente no disponían de medios para adquirirlos, pudieron de este modo comprarlos con más facilidad y destinarlos al laboreo de sus tierras. A esta medida se opuso la Compañía Guipuzcoana que se consideraba perjudicada en el monopolio comercial que ejercía en la provincia. Ábalos movilizó dinero de la Real Hacienda para otorgar créditos a los hacendados, estimuló además la diversificación de cultivos y ensayos de producción de nuevos renglones tales como el lino y el cáñamo en los Andes y en la provincia de Caracas la explotación de la hierba denominada «escoba amarga» o «babosa» para la producción de un tipo de lana; reanimó el cultivo del tabaco, llegando a programar la siembra de 10.000.000 de matas en Guaruto; logró los servicios del químico español Pedro de Berástegui para recolectar y estudiar plantas y semillas y explorar la posibilidad de explotación del urao de Lagunillas y Mérida; promovió el aprovechamiento de las ricas existencias madereras de las riberas del Apure; también se interesó por reactivar la descuidada explotación minera; tuvo firme empeño en combatir el contrabando y el comercio furtivo y para el efecto puso en vigencia todas las previsiones contenidas en el reglamento de la Intendencia para someter a su gobierno a los cuerpos armados conocidos con el nombre de compañías de volantes, que hasta entonces, bajo las órdenes de la Guipuzcoana, custodiaban las costas del país. Su presencia y actividad se hicieron sentir en todo el vasto territorio de la Intendencia, fundamentalmente por su carácter inflexible y su espíritu organizador, que exigía de sus empleados una disciplina casi militar, un celo extraordinario y celeridad en todas las gestiones. Solicitó reiteradamente que se extendieran a Venezuela las ventajas del decreto de Comercio Libre de 1778. Durante la guerra de España con Inglaterra, en 1779, obligó a la Compañía Guipuzcoana a comprar directamente a los cosecheros de cacao y no a los intermediarios; pero la poderosa compañía a su vez obligó a los agricultores a recibirle la mitad de sus pagos en géneros. El proceso de reorganización de la Real Hacienda generó graves problemas en la sociedad venezolana; el propio intendente fue objeto de severas críticas por parte de la Iglesia y otros sectores. El padre Blas José Terrero lo llamó «azote de la justicia divina». Los ayuntamientos ganaron simpatías populares al librar una dura y sistemática oposición a las medidas y procedimientos de la Intendencia. Ábalos se defendió de los ataques, advirtiendo a la Corona que en la oposición al régimen intendencial se reflejaba el desafecto de los criollos hacia España y la propensión de la sociedad venezolana a librarse de la dominación de la metrópoli. Estableció el estanco de naipes, de aguardiente y de tabaco. Todas estas medidas alcanzaron su más violenta expresión de repudio en la Rebelión de los Comuneros de Venezuela en julio de 1781, suceso que tuvo por principal escenario la provincia de Mérida. En agosto de ese mismo año envió al Rey un proyecto destinado a evitar la construcción de más fortificaciones y reducir otros gastos en el mantenimiento del ejército de tierra, proponiendo establecer en su lugar una fuerte armada marítima capaz de proteger las extensas costas venezolanas y servir a su vez de medio de transporte de productos comerciales. Desde Caracas escribió al ministro José de Gálvez, el 24 de septiembre de 1781, advirtiéndole sobre la proximidad del proceso de independencia de las colonias españolas de América y señalando como causas principales el caduco régimen económico de España y su política colonial. Para evitar el conflicto sugería la creación de 3 o 4 monarquías de la rama borbónica española en las provincias que entonces comprendían a los distritos de las audiencias de Lima, Quito, Chile y La Plata; el resto de los dominios americanos, entre ellos Nueva Granada y Venezuela, seguirían sujetos al control de la Península. Intervino a la Compañía Guipuzcoana y le arrebató muchos de sus privilegios, al tiempo que denunciaba ante el Rey todas sus irregularidades, hasta llegar a acusarla de ser el principal motivo del atraso de la provincia, de ejercer el contrabando, de violar las tarifas y de promover con sus métodos la disensión y el desafecto a la Corona. No habían transcurrido 5 meses a partir de la fecha de la carta al ministro Gálvez, cuando en febrero de 1781 los privilegios de la Compañía Guipuzcoana cesaron por orden del monarca español. Cansado y enfermo, José de Ábalos pidió al Rey que lo relevara del cargo de intendente y en julio de 1783 se retiró a la población de Maiquetía, dejando al frente de la Intendencia al contador mayor de cuentas, licenciado José de la Guardia, en tanto llegaba el nuevo titular Francisco de Saavedra. La transmisión de poderes se efectuó en la misma población de Maiquetía, el 22 de agosto, y se embarcó para España el 30 de noviembre de 1783.