Médico cirujano, antropólogo, escritor, periodista y político. Ya como cursante de bachillerato en Cúcuta y Pamplona, se perfiló como escritor y poeta. Su inclinación por las bellas letras se reafirma en Mérida, donde sigue estudios posteriores; en Valencia, en cuya universidad obtiene el título de doctor en ciencias médicas (1893) y finalmente, en Caracas donde colabora en las páginas de El Cojo Ilustrado. Allí aparecen sus «Odas vírgenes», sus artículos polémicos influenciados por la doctrina positivista, «El porvenir de la raza latina», «Arte y alma criollos», su poema de corte socialista «Los parias» y algunos otros trabajos. Recién graduado, se marchó a Estados Unidos a seguir cursos de especialización en otorrinolaringología y en oftalmología (1894-1898). Encarcelado, junto con su hermano Buenaventura Macabeo, al asumir el poder Cipriano Castro (1899), por existir una vieja enemistad entre Castro y los Maldonado, Samuel Darío es liberado en 1901, pero debe exiliarse y solo regresa a Venezuela al iniciarse el gobierno de Juan Vicente Gómez, en cuyo primer gabinete desempeña el cargo de ministro de Instrucción Pública (19.12.1908-2.6.1910). Luego, en compañía de su colega larense Lisandro López Viloria, viaja por el interior del país, ejerciendo su profesión, especialmente en la región andina, en las ciudades colombianas de Cúcuta y Pamplona y en pueblos circunvecinos. Varias intervenciones con carácter prioritario practica Maldonado en esta etapa de su vida. Entre ellas destacan: trepanación de los senos esfenoidales por vía nasal; raspado de las cuerdas vocales; corrección del estrabismo con avanzamiento y reyección; operación de Stacke en la mastoiditis supurada y operación de Jansen para la sinusitis frontal (ambas realizadas en Colombia). Introdujo una modificación en el oftalmoscopio e inventó un bajalengua con cierre automático. Como etnólogo, expuso observaciones y criterios personales y formuló críticas mordaces a José Gil Fortoul por sus libros El hombre y la historia y Hombres e ideas. Como médico higienista, desarrolló enérgicas campañas sanitarias y se le considera uno de los pioneros venezolanos, en cuanto a labores de salud pública se refiere, al fundar y dirigir (1911) la Oficina de Sanidad Nacional (dependiente del Ministerio de Relaciones Interiores), sustitutiva de la Dirección de Higiene y Salubridad Públicas creada (1909) por Pablo Acosta Ortiz. Maldonado dirige la lucha contra frecuentes brotes de viruela, fiebre amarilla, peste bubónica, malaria, disentería, tanto en Caracas como en el interior de la República. Los índices epidemiológicos elaborados según estadísticas llevadas por él mismo en la oficina a su cargo, demostraron la eficacia de los métodos empleados, a pesar de las duras críticas de las cuales habían sido objeto en un primer momento. Una ley de Sanidad (la primera promulgada en Venezuela) y su Reglamento, la ley de Vacuna y otros reglamentos sanitarios, campañas de vacunación antivariólica y antitífica, creación del laboratorio de bacteriología, entre otros, son fruto de la gestión de Maldonado, a su paso de 3 años (1911-1914) por la oficina que le tocó fundar. Su obra lírica está representada en el extenso poema «Luis Cardozo», en «Los Conquistadores», en el volumen en verso titulado Tropicales. Marina o la hija de las olas (1906) y, sobre todo, Tierra nuestra (Por el río Caura) (1920), son sus principales novelas. Director del periódico El Alacrán, redactor de La Madrépora y del Boletín de la Oficina de Sanidad Nacional, polemizó desde las columnas de los diarios caraqueños El Universal y El Tiempo con quienes objetaban la forma en que llevaba a cabo sus programas sanitarios. Tradujo del inglés la biografía del mariscal Antonio José de Sucre escrita por el norteamericano Guillermo Antonio Sherwell (1924). Fue gobernador del territorio Delta Amacuro (1919), presidente del estado Aragua (1921) y senador por el estado Táchira (1925). En 1970, con motivo de celebrarse el centenario de su nacimiento, se llevó a cabo una edición en 4 tomos de sus Obras completas. En San Cristóbal, un plantel de educación media lleva su nombre.