El establecimiento en Caracas de la Intendencia de Ejército y Real Hacienda (1776) afectaría no solamente la competencia que en materia de Real Hacienda detentaban los gobernadores y los ayuntamientos, sino también los intereses de algunos funcionarios y poderosos terratenientes y comerciantes, perjudicando económicamente a todos los sectores de la sociedad de las provincias que entraron bajo su jurisdicción: Venezuela, Mérida-Maracaibo, Cumaná, Guayana, Margarita y Trinidad. Ello generaría descontento, canalizado a través de representaciones al monarca de los ayuntamientos más importantes, protestando las nuevas medidas fiscales, el régimen de estancos y las arbitrariedades de los funcionarios encargados de aplicarlos. La oposición a esta situación también se manifestó en protestas reivindicativas, como la ocurrida en La Grita en 1779, y en 1781, en la zona andina de la provincia de Mérida-Maracaibo, conocida tradicionalmente como la Rebelión de los Comuneros de Venezuela.

El 16 de marzo de 1781 se inició una insurrección en la Villa del Socorro (virreinato de la Nueva Granada), para protestar el establecimiento de los estancos del tabaco y del aguardiente, entre otras medidas impositivas. Este movimiento se extendió a varios lugares del virreinato e influyó notablemente en la rebelión venezolana. Esgrimiendo la consigna de «Viva el Rey y muera el mal gobierno», la población andina de la provincia de Mérida-Maracaibo levantó su airada protesta contra la política colonial de España y las arbitrariedades de un régimen impositivo cada vez más exigente en el orden económico-social, lo cual no era más que el resultado directo del conjunto de reformas introducidas a partir de la creación de la Intendencia de Ejército y Real Hacienda y del impulso que les imprimió el intendente José de Ábalos. En franca insurgencia contra las circunstancias descritas, diversos estratos de la sociedad, particularmente de los sectores populares, abrazaron la causa de los comuneros, quienes habían logrado canalizar y dotar de una estrategia político-militar el descontento contra el mal gobierno. En el mes de mayo de 1781, aparecieron en San Antonio del Táchira y San Cristóbal (Edo. Táchira) los primeros pasquines incitando a seguir el ejemplo de la Nueva Granada, amenazando a los funcionarios de la Real Hacienda y estimulando a las comunidades a poner fin a los odiados impuestos. Igual situación ocurrió en el mes de junio en las ciudades de Mérida y La Grita. A finales de ese mes, personas influyentes de San Antonio se entrevistaron con los rebeldes de la villa de Cúcuta y de Pamplona para promover la insurrección en toda la provincia de Mérida-Maracaibo y extender el movimiento hasta Caracas, constituyéndose un primer gobierno integrado en su mayoría por ricos propietarios de la región. San Cristóbal hizo lo mismo, extendiéndose la insurrección a Lobatera, donde se organizó una nueva administración constituida por labradores de modestos recursos. El 10 de julio los insurrectos entraron a La Grita, despojando de su cargo al administrador de la Real Hacienda. Se apoderaron del dinero de las Arcas Reales, repartieron el tabaco entre el pueblo y sometieron a prisión a los españoles y griteños opuestos a la rebelión, quedando organizado el Gobierno rebelde bajo el mando de Juan José García de Hevia, miembro de una familia de blancos ricos. Hacia el 15 de julio, los comuneros controlaron la población de Bailadores. Nuevamente los ricos propietarios se encargaron del Gobierno. Desde allí se planeó la invasión a Mérida. 5 días más tarde, los rebeldes tomaron Estanques, importante centro productor agrícola de la jurisdicción merideña. Seguidamente se trasladaron a Lagunillas, siendo aclamados por una amplia población indígena. En el camino de Mérida, se sumaron los pueblos de Acequias, El Morro y Pueblo Nuevo. El 25 de julio los insurrectos entraron a Ejido, población que abrazó con gran fuerza la rebelión comunera. El monopolio del aguardiente debió estimular tal actitud, pues la mayor parte de sus habitantes vivía del cultivo, corte y procesamiento de la caña de azúcar. El Gobierno rebelde quedó integrado en su mayoría por gente de escasos recursos económicos, entre ellos el labrador Francisco Javier de Angulo. El 27 de julio el merideño Cornelio Uzcátegui se dirigió a Mérida, acompañado de un pequeño grupo de comuneros. El resto de la expedición hizo su entrada a la ciudad al día siguiente, siendo aclamada por casi toda la población que vociferaba contra el mal gobierno y los impuestos. Al frente del movimiento quedó el merideño Francisco Antonio Uzcátegui. La incorporación de Mérida representaba una estrategia para extender la insurrección a las ciudades de Trujillo, Barinas, Maracaibo y finalmente Caracas. El 5 de agosto el gobernador de Maracaibo, Manuel de Ayala, ordenó una expedición para evitar la invasión a Trujillo.

Las primeras noticias sobre la insurrección llegaron a Caracas el 7 de agosto, por una carta que envió el alcalde de Ejido -Antonio Ignacio Dávila- al gobernador, Luis Unzaga y Amézaga, solicitándole tropas para reprimir la rebelión. Inmediatamente, este decidió que desde Valencia salieran hacia Trujillo y Mérida 100 hombres de infantería y 30 de caballería, al mando del capitán Miguel Martínez. Para entonces el movimiento comunero partía rumbo a Timotes, remitiendo un mensaje al Ayuntamiento de la ciudad de Trujillo sobre el triunfo comunero en la Nueva Granada y la adhesión de varios pueblos de la provincia de Mérida-Maracaibo. El día 8, los rebeldes ocuparon el pueblo de Timotes y 4 días después enviaron una proclama a los trujillanos, exhortándolos a sumarse a la rebelión, justificando la misma y dando «Vivas al rey Carlos III y muerte al mal gobierno de sus ministros». Esta avanzada de la insurrección originó que el gobernador Unzaga ordenara que uno de los batallones de Aragua, al mando del teniente Tomás Caballero, reforzara el de Valencia. Ambos ejércitos marcharon juntos, hasta las cercanías de El Tocuyo. El de Martínez se dirigió a Trujillo y el de Caballero a Barinas, para flanquear a los insurgentes. Entre tanto, Trujillo había rechazado las proposiciones de los jefes comuneros. Ante esa oposición, el 29 de agosto, el capitán Juan José García de Hevia marchó a Mérida a reforzar las fuerzas comuneras acantonadas en Timotes. El 6 de septiembre salió de Caracas la llamada Expedición de la Frontera, comandada por el teniente coronel Juan de Salas, quien tenía órdenes de persuadir primeramente a los rebeldes. Y en caso de que estos no accedieran a entregarse, estaba facultado para reprimirlos por la fuerza. Más de 1.000 hombres formaban esta expedición, incluyendo entre ellos efectivos militares, milicianos y vecinos de diferentes pueblos de la provincia de Venezuela. Para entonces la insurrección era conocida en Caracas, pues el día 7 de septiembre apareció un pasquín en la iglesia de San Francisco instando al gobernador Unzaga y Amézaga a eliminar el cobro de impuestos (o de lo contrario el pueblo caraqueño no haría oposición a los comuneros). El 8 de septiembre García de Hevia llegó a Mérida, donde resolvió abandonar la idea de invadir Trujillo y acordó con los otros jefes orientar la rebelión hacia Barinas. El día 11, el gobernador de Maracaibo propuso a los insurgentes que escucharía sus aspiraciones e intercedería en favor de los sublevados que abandonaran la revuelta. El Ayuntamiento de San Cristóbal discutió los ofrecimientos del gobernador y acordó mantener su lealtad a la Corona española.

A partir de esta decisión, la rebelión comenzó a decaer. El Cabildo de San Antonio secundó lo acordado por el de San Cristóbal y el pueblo de Mérida remitió un documento a sus capitanes comuneros, para que se sometieran a los planteamientos del gobernador Ayala. El 25 de septiembre el Ayuntamiento de Caracas emitió un acuerdo de solidaridad al Gobierno español y declaró abierta oposición a la insurrección de los comuneros andinos. Con ello, los caraqueños lograron la rebaja de las medidas fiscales impuestas por el intendente José de Ábalos. Ante las deserciones de San Cristóbal y San Antonio, y el avance militar desde Maracaibo y Caracas, los altos jefes comuneros buscaron refugio en el Nuevo Reino de Granada y en algunos lugares de Venezuela. Hacia el 20 de octubre, también la rebelión comunera de la Villa del Socorro había entrado en crisis, lo cual influyó notablemente en el ánimo de los insurrectos de los Andes venezolanos. La resistencia de Trujillo, el apoyo militar de las autoridades acreditadas en Maracaibo, Caracas, y sobre todo la falta de cohesión social, determinada por una dirigencia cuyos intereses coincidían con los del sector económicamente dominante, condujeron a la desarticulación del movimiento a finales del mes de octubre de 1781. Entre el 25 y el 29 de octubre entraba a Ejido y Mérida la expedición comandada por el teniente coronel Juan de Salas, en medio de las aclamaciones de terratenientes locales, cabildantes, funcionarios españoles, e incluso de algunos rebeldes arrepentidos. Tres meses después de la ocupación de Mérida, el 20 de enero de 1782, el gobernador Unzaga autorizó a Salas para iniciar la apertura de expedientes a quienes habían promovido y acaudillado la rebelión comunera. Entre el 11 y el 22 de marzo se tomaron las declaraciones de funcionarios realistas y ricos vecinos opuestos a la insurrección, previamente seleccionados por Salas, para luego ser remitido el expediente al gobernador y capitán general de la provincia de Venezuela, quien lo trasmitió el 9 de abril al teniente de gobernador y auditor de guerra, el abogado Francisco Ignacio Cortines, encargado de examinarlo y dictaminarlo. Este calificó la rebelión como delito de suma gravedad, por lo que se hacía necesario un castigo ejemplar a los que resultaran culpables, solicitando la prisión y embargo de bienes de las personas más implicadas en el levantamiento para que fueran remitidas a Caracas, bajo rigurosa custodia. El dictamen de Cortines fue acogido en todas sus partes por el gobernador Unzaga, quien inmediatamente ordenó la captura y embargo de bienes de los insurrectos. Juan de Salas y sus subalternos, luego de diversas indagatorias, dispusieron aplicar la decisión del gobernador a 69 personas. El 24 de mayo, el Ayuntamiento de La Grita solicitó al nuevo virrey de la Nueva Granada -arzobispo Antonio Caballero y Góngora- que intercediera por el perdón de los involucrados en la rebelión comunera de la provincia de Mérida-Maracaibo, como lo había hecho con los del Socorro. El plan de captura de Salas se extendió sobre todas las comunidades andinas, lográndose la detención de 27 de los sindicados. Sus bienes fueron confiscados y depositados en personas designadas por el Gobierno. Algunas propiedades fueron rematadas y pasaron a poder de quienes más se opusieron a la rebelión. Entre los prisioneros se encontraban hacendados ricos, agricultores pobres, labradores modestos, pulperos, jornaleros y hasta letrados rurales. Los líderes principales del movimiento comunero, Juan José García de Hevia, Francisco Javier de Angulo, Ignacio de Rivas, José Eulogio Guerrero y Tomás de Contreras, huyeron unos al virreinato de la Nueva Granada, mientras que otros se mantuvieron ocultos en diversos pueblos de la provincia de Mérida-Maracaibo. Bajo fuerte custodia, los prisioneros fueron trasladados a Caracas y encarcelados en diferentes lugares de la ciudad. El 15 de julio, el nuevo gobernador de Maracaibo, Francisco de Arce, se dirigió al virrey-arzobispo Caballero y Góngora para indagar si el indulto a los neogranadinos era extensivo a los rebeldes de su gobernación. El 6 de agosto el virrey concedió indulto, perdón general y amnistía a todos los que participaron en las sublevaciones. Ello fue comunicado a los gobernadores de Mérida-Maracaibo y Caracas, advirtiéndose que el indulto abarcaba por igual a los insurrectos de los Andes venezolanos, por no ser los iniciadores de la rebelión. El 7 de octubre, en Caracas, el teniente de gobernador y auditor de Guerra comenzó a tomar las declaraciones pertinentes a los reos para dictaminar las penas en cada caso. Una semana más tarde, el gobernador Unzaga notificó a Cortines lo decidido por el virrey. El proceso fue suspendido y se recomendó poner en libertad bajo fianza a los reos. El 26 de octubre los prisioneros comenzaron a salir de las cárceles, debiendo permanecer en Caracas, hasta tanto llegara la decisión del Rey. Dadas las penurias que padecían, puesto que no tenían trabajo y algunos estaban enfermos, el 6 de noviembre se les autorizó a cumplir su confinamiento en sus respectivos lugares de origen. El 31 de enero de 1783, el rey Carlos III resolvió conceder el indulto a los implicados en la rebelión de la provincia de Mérida-Maracaibo, exceptuando a los dirigentes Juan José García de Hevia, Silvestre Carnero, José Joaquín Medina, Miguel Suárez y Joaquín Yánez Caballero. El 22 de junio una Junta especial, integrada en Madrid por ministros del Consejo de Indias, recomendó libertar a todos los prisioneros y desembargar sus bienes. Finalmente, el 10 de agosto de 1783, el Rey dictó la real orden que establecía el indulto definitivo -sin excepciones- a los involucrados en la Rebelión de los Comuneros de los Andes venezolanos.

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